I 1806 blev faderen syg og familien flyttede til København, hvor Winther oplevede Københavns bombardement 1807 i kælderen under Christiansborg. Da var han allerede kommet i latinskole i Nykøbing Falster, hvor han boede hos rektor S.N.J.Borch, en ven af familien. Han blev hans faste tilhold indtil han blev student, men han havde fortsat tæt kontakt til sin mor, som efter faderens død 1808 først tilbragte sit nådsensår i Olstrup præstegård, senere flyttede til Nykøbing i 1810, og giftede sig igen med præsten Rasmus Møller som da var sognepræst i Købelev nord for Nakskov. Christian fandt sig godt til rette med sin nye familie. Der var seks børn, fire musikalske døtre og to sønner, hvoraf den ældste var Poul Martin Møller. Han var den der som filosof og digter måske satte det dybeste præg på sin generation med sin videreførsel og uddybning af tidens dannelsesideal, Søren Kierkegaard tog dybe indtryk af ham, de andre fra generationen lyttede alvorligt til ham, og for Christian Winther blev han det menneske hvis domme betød mest.