Lidt mere afdæmpet var han i 1840 på et møde mellem skandinaviske naturforskere i København. Her indrømmede han tidens naturvidenskab en plads på linje med naturfilosofien, der beskæftiger sig med universet som helhed, dvs. med "totalorganismen", idet "naturfilosofien forfølger den åndelige konsekvens af organisationen [dvs. af universets organisering som et hele], hvor naturvidenskaben forfølger matematikkens empiriske konsekvens." [Tysk original tekst] . Ud fra sit daværende religiøse ståsted forbandt han snarere naturfilosofien med teologien end med naturvidenskaben: "Hvis jordkloden har en levende udvikling, så må begrebet om totalorganismen anvendes på verdensaltet, og vi kan allerede nu udtale denne grundsætning som princip for enhver naturfilosofi: Organisk udvikling er fremadskridende, selvstændig udskillelse, således at den højeste organisation (udviklingens højdepunkt), skønt ganske afhængig af sanselighedens verden, alligevel er fri. Dermed er mennesket hele naturens formål, hans frihed er naturens frihed i ham, hans personlighed er fuldstændig udskilt fra naturen; men netop derved er den inderligt forbundet med den hele natur - den er i sin forgængelighed uforgængelig, i sin dødelighed udødelig. Således bliver den hele natur og dens helhed guddommelig teleologi, udtryk for Guds evige vilje, teologi. Udskillelsen af Jorden og dens frie bevægelse i planetsystemet, dens kugleform, hvorved den har sit centrum i sig selv, er udtryk for den frihed, der åbenbarede sig, da mennesket trådte frem." [Tysk original tekst] . Steffens' vidtløftighed fortog sig aldrig.