I modsætning til den anende naturfilosof formår den empirisk orienterede og beskrivende naturforsker kun at opstille de ydre og ikke de indre forskelle imellem sine genstande og når derfor ikke frem til den dybere, indre sammenhæng, der består imellem alle naturens dele. Den beskæftiger sig med naturen, som vi oplever den, men ikke som den er; den klassificerer sine genstande ud fra ydre og ikke ud fra indre kriterier, og dens klassifikationer er derfor aldrig naturlige, dvs. stemmer aldrig overens med naturen selv. Og naturforskeren er ikke bedre hjulpet med en teoretisk naturvidenskab, som bygger på erfaringen. I sin tredje forelæsning gør Steffens rede for empiriens utilstrækkelighed, men fremhæver også dens uomgængelighed. Den rummer viden om, hvordan naturen er indrettet, men ikke om hvorfor den er indrettet på netop denne måde. Naturforskeren kan ikke alene ved empiriens hjælp nå frem til den enhed, der forklarer mangfoldigheden: "Det empiriske Standpunkt", afslutter Steffens den tredje forelæsning, "paa hvilket den genialske Naturforsker oprindeligen har stillet sig, formaaer nemlig ingenlunde at oplöse de Problemer, som hans Opdagelser have giort ham bekiendt med; om den höjeste Idee, i hvilken alle disse Problemer maae finde deres Lösning, har han blot en dunkel Ahnelse; han maae altsaa nödvendigviis finde en Mangel af höjere Sammenhæng i sine Forestillinger, som maae blive desto ubehageligere og mere trykkende, jo dybere hans Opdagelser have grebet ind i Naturens inderste Væsen, og jo mere han, ved fortsatte Undersögelser, overbevises om deres Rigtighed" (Indledning 57). Den idé, som Steffens her nævner, er naturens enhed eller naturideen, den dynamiske (aktive) enhed, som sammenføjer alt til en helhed. Naturideen er ikke en subjektiv forestilling, men er den åndelige enhed, som den materielle verden i rum og tid er en manifestation af.