Sam- og eftertiden har stort set været enige om, at Steffens som naturforsker ikke var at finde blandt sværvægterne. Det gælder i hvert fald, at han ikke, som H.C. Ørsted senere eksplicit fremhævede, tilførte sin videnskab noget nyt (H.C. Ørsted: Samlede og efterladte Skrifter, bd. 8, 1852, s. 105). Allerede ved århundredets begyndelse havde Ørsted fraskrevet Steffens dyberegående kendskab til kemi og fysik (cf. H.C. Ørsteds brev til Oehlenschläger 1.11.1807 i: Breve fra og til Hans Christian Ørsted, udg. af Mathilde Ørsted, bd. 1, 1870, s. 227). Men som Grundtvig anerkendte han Steffens som "Lynildsmand". I samme brev fra 1807 til Oehlenschläger skriver han således: "Hvad nu Steffens angaaer, saa veed jeg ret godt, at han vil indklemme Naturen i et System, og det i et meget snævert. Gud bevare mig fremdeles fra at blive Steffensianer, som han hidindtil har bevaret mig derfor. Jeg har vel ogsaa mærket, at han praler. At jeg ei skulde have mærket, at han ikke stak dybt i Chemien og Physiken, vilde være altfor besynderligt; men uvidende er han heller ikke. Med Naturhistorien har han beskjæftiget sig saa længe, før han blev Philosoph, og i den Tid ogsaa holdt Forelæsninger derover, at han umulig kan være uvidende deri. Med en sjelden Mangfoldighed, skjøndt ikke Dybde, i Kundskaberne, forener han mangfoldige lykkelige Overblik. Naar man ikke tager disse for uimodsigelige Resultater af den dybeste Philosophi, men for det, de ere: Lynglimt til Veiledning, saa lærer man meget af ham. Saaledes har jeg gjort og kan uden Fare vedblive at gjøre" (Breve fra og til Hans Christian Ørsted, bd. 1, udg. af Mathilde Ørsted, 1870, s. 227). Respekten for Steffens' faglige kunnen er til at overskue, men han indrømmes de "lykkelige Overblik", dvs. en inspirerende evne til at betragte naturen som en enhed og anskue naturerkendelsen ud fra et højere synspunkt. Også brødrene Mynster forholdt sig kritisk til Steffens' faglighed. J.P. Mynster pukkede på manglen af "videnskabelig Stringents" (J.P. Mynster: Meddelelser om mit Levnet, 1854, s. 135) og hans naturkyndige storebroder, O.H. Mynster, var endog meget afvisende. Rammende ironisk skrev han i 1803 til en ven, at "Henrik Steffens læser over sin egen forbedrede Philosophie, som er bedre end Schellings, som var bedre end Fichtes, som var bedre end Kants, som var bedre end alle andre Philosophier, som var bedre end sund Menneskeforstand, som kuns er lidet bedre end slet Intet" (A. Wentzel: O.H. Mynster, 1928, s. 65). Heller ikke den store franske naturforsker George Cuviers udtalelse om Steffens tyder på, at der har stået respekt om hans faglige dygtighed. Cuvier kaldte her de romantiske naturfilosoffer for et sekterisk foretagende og fortsatte: "Blandt de nyeste af denne sekts medlemmer, og blandt dem, der har formuleret dens anskuelser med den største dristighed, kan regnes monsieur Steffens" ("On peut compter parmi les plus récens de ses sectateurs, et parmi ceux qui ont mis la hardiesse la plus extraordinaire dans leurs conceptions, M[onsieur] Steffens" (G. Cuvier: Rapport historique sur les progrès des sciences naturelles depuis 1789, et sur leur état actuel, Paris 1810, s. 179-180). Set ud fra både naturfilosofiens og dens kritikeres synsvinkel synes Steffens at have været en videnskabelig døgnflue.