I sin studietid synes han især at have knyttet sig til Martin Vahl. I årene 1796 til 1798 opholdt han sig ved universitetet i Kiel. Han skrev her en lille introduktion til mineralogien, som i 1797 udkom anonymt i Altona under titlen Ueber Mineralogie und das mineralogische Studium (Om mineralogi og det mineralogiske studium), og som blev accepteret som doktordisputats. Bogen viser, at Steffens på dette tidspunkt havde stiftet bekendtskab med Kants Kritik der Urteilskraft (1790) (Kritik af dømmekraften). Senere fulgte studier af Jacobi, Fichte, Spinoza og især af Schelling, hvis Ideen zu einer Philosophie der Natur (Forslag til en naturfilosofi) var udkommet i 1797. Jacobis bog fra 1785 om Spinoza synes at have været Steffens' egentlige introduktion til metafysiske overvejelser over naturen, eller - med hans egne ord - værket "var det Første, der concentrerede alle slumrende, speculative Tanker i mig og bragde dem til Udbrud" (Steffens: Hvad jeg oplevede, bd. 3, s. 232.)[Tysk original tekst] . Herefter kastede Steffens sig ud i et indgående studium af Spinozas Ethica (1677) og blev grebet af dennes lære om, at tilværelsens mangfoldighed er fremtrædelsesform for en tidsløs, uforanderlig substans, som udgør altets tilgrundliggende enhed. Snart oplevede han imidlertid, at den "hele levende Natur, det hele brogede Liv forekom mig som falmet og afbleget" (Steffens: Hvad jeg oplevede, bd. 3, s. 258.)[Tysk original tekst] ; men Schellings Ideen zu einer Philosophie der Natur og Von der Weltseele, eine Hypothese der höhern Physik (Om verdenssjælen, en hypotese om den højere fysik) fra 1798 indgød ham på ny håbet om, at han ville kunne omfatte hele den levende naturs mangfoldighed i en samlet verdensanskuelse.