I 1804 blev Steffens kaldet til professoratet i mineralogi i Halle og spillede siden kun en beskeden rolle i dansk kulturliv. Da Napoleon lukkede universitetet i Halle i 1806, søgte Steffens foretræde i Kiel for den danske kronprinsregent, den senere Frederik 6, som gav udtryk for, at nok ønskede man Steffens til København, men kun under den udtrykkelige betingelse, at han ikke forelæste, fordi, som kronprinsen skulle have sagt, Steffens gjorde hans undersåtter forrykte. Denne betingelse kunne Steffens ikke acceptere. I 1808 genåbnede universitetet i Halle, Steffens genoptog sin virksomhed, og i 1811 kaldtes han herfra til universitetet i Breslau. Herfra fortsatte han i 1832 til Berlin.