Han blev efter forældrenes død opdraget hos en ældre pebermø, Marie Møller, fhv. kammerpige hos enkedronningen. Det kom sig af, at hun var universalarving til en justitsråd F. C. Sprein, som havde været Jørgen Aarestrups særlige ven og velynder. I sit testamente havde Sprein bestemt, at et større beløb skulle afsættes til de forældreløse Aarestrup-drenge, samt at frøken Møller skulle administrere rentemidlerne med henblik på Emils opdragelse. Om dette for en livlig dreng ikke altfor festlige hjem har Aarestrup 1834 skrevet i et rimbrev (SS II, 69. Skrevet 1834) til en skolekammerat: