Afskedigelsen medførte, at Aakjær tog hele sit liv op til revision: Nu ville han ikke længere være lærer, men derimod faghistoriker. Først brugte han tre år (1892-95) på at tage den forhadte studentereksamen, som var en forudsætning for, at han kunne blive immatrikuleret ved Københavns Universitetet, og derefter studerede han historie i tre år (1895-98). Den lærer, der fik størst betydning for ham, var professor Kristian Erslev, som oplærte ham i den kildekritiske metode, der adskiller den professionelle historiker fra amatøren.