Skelsættende blev de to første uger af 1890, som Aakjær brugte på at læse Charles Darwins Arternes Oprindelse (1859). Denne bog blev bestemmende for hans endelige opgør med kristendommen: "Hans Bog er Nøglen til mangt et aflaaset Rum i Livets Labyrint, mangt et Rum som Præsterne har hængt Guds Segl paa som helligt og ubrydeligt. Han respekterer ikke de Segl - og Videnskaben bør ikke respektere dem - han bryder dem uden at agte disse selvgjorte Seglgjemmeres afmægtige Forbandelse. Nu sejrer Videnskaben, nu brydes Præstevælden!" (Bjerre: Breve fra Jeppe Aakjær, s. 54). Aakjær mente, at videnskaben - Darwins evolutionslære - og troen - Bibelens skabelsesberetning - gensidigt udelukkede hinanden, og han valgte ved indgangen til 1890'erne éntydigt side til fordel for videnskaben: "Det gamle og nye Testamente er smukke Sprogmindesmærker: flunkende, flammende Fantasier, med Poesiens ringlende Guldklang i Sproget, - men de er for gamle at leve paa for Nutidsmænd. Nej, det nyeste Testamente, det skreves af Charles Darwin, og det vil ha bærende Kraft for Aandens Udvalgte endnu i Aarhundreder" (Før det Dages, s. 104). Resten af sit liv forblev Aakjær en helbåren fritænker: "Religionen det er Menneskeslægtens Barneble, og de frie stærke Aander har altid været saa temmelig gudløse" (Bjerre: Breve fra Jeppe Aakjær, s. 142).